สำหรับเส้นทางที่เปิดให้บริการจะเริ่มต้นที่สถานีอุเอโนะ (Ueno Station) ในโตเกียว และมีหลายคอร์สให้เลือก ได้แก่
1. คอร์สที่วิ่งผ่านจังหวัดยะมะนะชิ (Yamanashi) – นะงะโนะ (Nagano) – ฟุคุชิมะ (Fukushima) ใช้เวลา 2 วัน 1 คืน
2. คอร์สที่วิ่งขึ้นทางเหนือเลียบฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกไปถึงจังหวัดอะโอโมริ (Aomori) ใช้เวลา 3 วัน 2 คืน
3. คอร์สที่ขึ้นเหนือไปจนถึงโนโบริเบ็ทสึ (Noboribetsu) ในฮอกไกโด (Hokkaido) แล้วกลับมาวิ่งวนรอบญี่ปุ่นฝั่งตะวันออกอย่างภูมิภาคโทโฮคุ (Tohoku) และจังหวัดนีงะตะ (Niigata) ใช้เวลา 4 วัน 3 คืน เป็นต้น
สำหรับการตกแต่งและอาหารที่ให้บริการภายในขบวนรถ ก็ใช้วัตถุดิบสุดพิเศษและศิลปหัตถกรรมจากแหล่งต่างๆ ในฝั่งตะวันออกของญี่ปุ่น จึงเป็นรถไฟท่องเที่ยวที่ให้เราได้สัมผัสกับวัฒนธรรมดั้งเดิมของญี่ปุ่นอย่างแท้จริง
เอกลักษณ์ของรถไฟชิกิชิมะนี้อยู่ตรงการออกแบบตู้โดยสารตรงหัวขบวนและท้ายขบวนถูกออกแบบมาให้เป็นพื้นที่สำหรับชมวิว เรียกได้ว่าเป็นตู้โดยสารชั้นพิเศษของขบวนรถไฟชิกิชิมะเลยทีเดียว ภายในตู้โดยสารมีดีไซต์ที่นำสมัยเป็นเบบผนังกระจกทั้ง 4 ด้าน ให้ผู้โดยสารได้นั่งอยู่บนโซฟาแสนสบายพลางเพลิดเพลินกับวิวสวยๆ ของญี่ปุ่นฝั่งตะวันออกผ่านหน้าต่างกว้างจรดเพดานของรถไฟ