ฟอร์จูนเนอร์ รุ่น GR Sport มี 1 รุ่นย่อย คือ รุ่น 2.8 GR Sport เกียร์อัตโนมัติ ขับเคลื่อน 4 ล้อ วางราคา จำหน่ายที่ 1,879,000 บาท และฟอร์จูนเนอร์ รุ่น Legender มี 4 รุ่นย่อย ประกอบด้วย รุ่น 2.8 Legender เกียร์ อัตโนมัติ ขับเคลื่อน 4 ล้อ ราคา 1,839,000 บาท รุ่น 2.8 Legender เกียร์อัตโนมัติ ราคา 1,775,000 บาท รุ่น 2.4 Legender เกียร์อัตโนมัติ ขับเคลื่อน 4 ล้อ ราคา 1,636,000 บาท และรุ่น 2.4 Legender เกียร์อัตโนมัติ ราคา 1,566,000 บาท
ฟอร์จูนเนอร์ รุ่นมาตรฐาน มี 3 รุ่นย่อย โดยในรุ่น 2.4V เกียร์อัตโนมัติ ขับเคลื่อน 4 ล้อ ราคา 1,536,000 บาท รุ่น 2.4V เกียร์อัตโนมัติ ราคา 1,466,000 บาท และรุ่น 2.4G เกียร์อัตโนมัติ ราคา 1,351,000 บาท
อย่างไรก็ตาม บริษัท โตโยต้า มอเตอร์ ประเทศไทย จำกัด เริ่มแนะนำรถอเนกประสงค์สุดหรู โตโยต้า ฟอร์จูนเนอร์ เจนเนอเรชั่นที่ 1 ในปี 2548 ภายใต้โครงการ “IMV: Innovative International Multi-Purpose Vehicle” ที่สร้างปรากฏการณ์จนทำให้โตโยต้าขึ้นเป็นผู้นำตลาดรถอเนกประสงค์ประเภท Pick-Up Passenger Vehicle (PPV) ในประเทศไทยและต่างประเทศ ด้วยยอดจำหน่ายสะสมมากกว่า 380,000 คัน (ข้อมูลยอดขายสะสม ของฟอร์จูนเนอร์ภายใต้โครงการ IMV ตั้งแต่ปี 2547 – กรกฎาคม 2564)