สายการบินกาตาร์ แอร์เวย์ส รักษามาตรฐานด้านสุขอนามัยสูงสุดอยู่เสมอ ผ่านการทำความสะอาดฆ่าเชื้อโรคในห้องโดยสาร ใช้ผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดที่ผ่านการรับรองจากสมาคมขนส่งทางอากาศระหว่างประเทศ (IATA) และองค์การอนามัยโลก (WHO) นอกจากนี้ ท่าอากาศยานนานาชาติฮาหมัด (HIA) ซึ่งเป็นฐานปฏิบัติการบินของกาตาร์ แอร์เวย์ส จะใช้หุ่นยนต์ฆ่าเชื้อปล่อยแสง UV-C อัตโนมัติเพื่อกำจัดจุลินทรีย์เชื้อโรค
นอกจากนี้ เครื่องบินของสายการบินกาตาร์ แอร์เวย์ส ติดตั้งระบบกรองอากาศที่ทันสมัยที่สุด โดยมีอุปกรณ์ไส้กรอง HEPA ฟิลเตอร์ที่สามารถกำจัดเชื้อไวรัสและแบคทีเรียในอากาศได้สูงถึง 99.97% ป้องกันการแพร่เชื้อโรคได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ สายการบินฯได้ทำความสะอาดหมอนผ้าห่ม ผ้านวม โดยซักล้างและอบแห้งผ่านแรงดันด้วยอุณหภูมิสูงที่กำจัดจุลินทรีย์เชื้อโรค หูฟังมีการนำที่ครอบไปทำความสะอาดหลังสิ้นสุดเที่ยวบิน อุปกรณ์ทุกชิ้นจะถูกแพ็คใหม่โดยพนักงานที่สวมชุดและถุงมืออนามัยในการปฏิบัติงานอย่างเคร่งครัด
อุปกรณ์บนโต๊ะอาหารทุกชิ้นได้รับการทำความสะอาด ฆ่าเชื้อ และล้างด้วยน้ำบริสุทธิ์อุณหภูมิสูงที่ผ่านการขจัดสิ่งแปลกปลอมเพื่อกำจัดแบคทีเรีย พนักงานต้อนรับบนเครื่องบินทุกคนได้ผ่านการฝึกฝนวิธีลดความเสี่ยงในการแพร่เชื้อ และจะต้องสแกนผ่านกล้องตรวจจับอุณหภูมิความร้อน (Thermal Screening) ก่อนและหลังปฏิบัติงานทุกครั้ง โดยจะต้องรับการกักตัวและตรวจหาเชื้อ หากเพื่อนร่วมงานหรือผู้โดยสารแสดงอาการที่เข้าข่ายหรือยืนยันมีการติดเชื้อ
นอกจากนี้ กาตาร์ แอร์เวย์ส ยังได้ปรับการบริหารจัดการพนักงานต้อนรับบนเครื่องบิน โดยจัดพนักงานเป็น 2 กลุ่มสำหรับเที่ยวบินระยะสั้นและระยะกลาง ให้กลุ่มแรกปฏิบัติงานเที่ยวบินขาออกและกลุ่มหลังปฏิบัติงานเที่ยวบินขาเข้า ส่วนเที่ยวบินระยะยาวที่ต้องพักค้างคืน พนักงานจะต้องจำกัดบริเวณอยู่ในโรงแรมที่พักและสามารถเดินทางได้ด้วยยานพาหนะที่ได้รับการอนุญาตเท่านั้นเพื่อลดการสัมผัสทางกายภาพกับผู้อื่น
สำหรับผู้โดยสาร สายการบินฯพยายามใช้มาตรการเว้นระยะห่างทางสังคม โดยเฉพาะในเที่ยวบินที่มีผู้โดยสารน้อยและระหว่างรอขึ้นเครื่อง รวมถึงแนะนำให้ผู้โดยสารปฏิบัติตามข้อบังคับด้านสุขอนามัยขององค์การอนามัยโลก (WHO) เช่น ล้างมืออย่างสม่ำเสมอและไม่สัมผัสบริเวณใบหน้า
ตั้งแต่กลางเดือนกุมภาพันธ์ กาตาร์ แอร์เวย์ส ช่วยนำผู้โดยสารกลับภูมิลำเนากว่า 1 ล้านคน โดยใช้เที่ยวบินพาณิชย์ เที่ยวบินเช่าเหมาลำและเที่ยวบินเสริมพิเศษ
สายการบินกาตาร์ แอร์เวย์สได้รับการการันตีมาตรฐานระดับโลกด้วยรางวัลมากมาย ทั้งรางวัลสายการบินที่ดีที่สุดในโลก (World’s Best Airline) ประจำปี 2562 จากสถาบันจัดอันดับสกายแทรกซ์ ควบรางวัลสายการบินที่ดีที่สุดในภูมิภาคตะวันออกกลาง (Best Airline in the Middle East) รางวัลชั้นธุรกิจที่ดีที่สุดในโลก (World’s Best Business Class) และรางวัลที่นั่งชั้นธุรกิจที่ดีที่สุด (Best Business Class Seat) จากที่นั่งแบบ Qsuite นอกจากนี้กาตาร์ แอร์เวย์ส ยังเป็นสายการบินเดียวที่เคยได้รับรางวัลสายการบินที่ดีที่สุดในโลกจากสกายแทรกซ์มากถึง 5 ครั้ง
ท่าอากาศยานนานาชาติฮาหมัด (HIA) ได้รับรางวัลอันดับที่ 3 สนามบินที่ดีที่สุดในโลก (Third Best Airport in the World) จากสถาบันสกายแทรกซ์ World Airport Awards ประจำปี 2563 ผ่านการคัดเลือกจากสนามบินกว่า 550 แห่งทั่วโลก โดยไต่ลำดับขึ้นมาเรื่อยๆตั้งแต่เริ่มให้บริการเมื่อปี 2557 ขึ้นมาถึงอันดับที่ 4 ในปี 2562 สู่อันดับ 3 ในปี 2563 รวมถึงยังได้รับรางวัลสนามบินที่ดีที่สุดในภูมิภาคตะวันออกกลาง (Best Airport in the Middle East) 6 ปีติดต่อกัน และรางวัลบริการดีที่สุดในภูมิภาคตะวันออกกลาง (Best Staff Service in the Middle East) 5 ปีติดต่อกัน นอกจากนี้ HIA ยังสามารถคงสถานะท่าอากาศยาน 5 ดาวตั้งแต่ปี 2560